Катодные лучи, которые двигались по вакуумной трубке от отрицательно заряженной пластины, оказались отрицательно заряженными частицами, электронами. Атомы, однако, электрически нейтральны, а потому логично, что существуют и позитивно заряженные противоположности электронов – атомы, у которых отняли часть отрицательного заряда. В 1898 году Вильгельм Вин из университета Вюрцбурга впервые изучил эти положительные лучи, выяснив, что частицы, из которых они состоят, значительно тяжелее электронов, как будто бы это были атомы, которым просто не хватало электрона. Завершив эксперименты с катодными лучами, Томсон решил исследовать эти положительные лучи в серии сложных экспериментов, которые продолжались и в течение 1920-х годов. Сегодня эти лучи называются ионизированными атомами, или просто «ионами», а во времена Томсона их называли каналовыми лучами, потому что он изучал их, используя модифицированную трубку для катодных лучей, в которой вакуумный насос оставлял небольшое количество газа. Электроны, двигавшиеся сквозь этот газ, вступали во взаимодействие с его атомами и выбивали из них другие электроны, оставляя положительно заряженные ионы, на которые можно было оказывать воздействие при помощи электрического и магнитного полей таким же образом, как Томсон оказывал воздействие на сами электроны. К 1913 году группа Томсона произвела измерения отклонения положительно заряженных ионов водорода, кислорода и других газов. Одним из газов, которые Томсон использовал в этих опытах, был неон. Неон, через который проходит электрический заряд в вакуумной трубке, ярко вспыхивает, и аппарат Томсона стал предшественником современной неоновой трубки. Но его открытие было гораздо важнее, чем изобретение нового способа рекламы.

В отличие от электронов, которые имеют одно и то же отношение заряда к массе е/т, существует три различных типа ионов неона, которые имеют такой же заряд, как и электрон, однако не отрицательный (—е), а положительный (+е), но разные массы. Это стало первым свидетельством того, что химические элементы часто включают в себя атомы с разной массой (разной атомной массой), но одинаковыми химическими свойствами. Теперь такие варианты элементов называют «изотопами», но объяснение их существования смогли обнаружить лишь гораздо позже. Однако Томсон уже тогда располагал достаточным объемом информации, чтобы сделать первый шаг к описанию внутренней структуры атома, который был не неделимой основной частицей, как полагали некоторые древнегреческие философы, а совокупностью положительных и отрицательных зарядов, из которой можно вырывать электроны.

Томсон представил атом как своего рода арбуз – относительно крупную сферу, по которой был распределен весь положительный заряд и куда были, подобно семечкам, внедрены маленькие электроны, каждый из которых нес в себе частицу отрицательного заряда. Как выяснилось, он ошибался, но он предоставил ученым мишень для стрельбы – и постоянные тренировки привели их к более точному пониманию структуры атома. Чтобы узнать, как именно это произошло, нам нужно отступить на шаг назад в историю науки, а затем сделать два шага вперед.

Ключевым открытием для понимания структуры атома стало совершенное в 1896 году открытие радиоактивности. Как и обнаружение рентгеновских лучей, состоявшееся несколькими месяцами ранее, оно произошло по счастливому стечению обстоятельств, хотя в обоих случаях это счастливое стечение обстоятельств не могло не произойти в какой-нибудь физической лаборатории того времени. Как и многие физики в 1890-х годах, Вильгельм Рентген экспериментировал с катодными лучами. Когда эти лучи – электроны – сталкиваются с материальным объектом, в результате их столкновения происходит вторичное излучение. Это излучение невидимо, можно заметить только его воздействие на фотографическую пластинку или пленку либо на аппарат, называемый флуоресцентным экраном, который искрится, принимая на себя излучение. Случилось так, что во время проведения опытов с катодными лучами на столе в лаборатории Рентгена лежал такой экран, и ученый сразу заметил, что экран вспыхивал при работе отводящей трубки в опыте с катодными лучами. Это привело его к открытию вторичного излучения, которое он обозначил как «икс», ведь икс обычно используется в математических уравнениях в качестве неизвестной. Вскоре выяснилось, что рентгеновские лучи ведут себя, как волны (теперь мы знаем, что они представляют собой особую форму электромагнитного излучения и очень похожи на световые волны, но при этом длина этих волн значительно короче), и это открытие, сделанное в немецкой лаборатории, помогло подтвердить мнение большинства немецких ученых о том, что катодные лучи, должно быть, тоже являются волнами.

Об открытии рентгеновских лучей было объявлено в декабре 1895 года, и это вызвало переполох в научном сообществе. Другие ученые стали пытаться найти иные способы создания рентгеновских лучей или подобных форм излучения, и первым преуспел Анри Беккерель, который работал в Париже. Самым удивительным свойством рентгеновского излучения стало то, что оно могло беспрепятственно проходить через многие непрозрачные вещества, например сквозь черную бумагу, создавая снимок на фотографической пластине, не подвергавшейся воздействию света. Беккереля интересовало фосфоресцирование, то есть способность вещества, которое раньше поглощало свет, излучать его. Флуоресцентный экран наподобие того, который использовался при открытии рентгеновского излучения, испускает свет только тогда, когда его «раздражает» попадающее на него излучение, в то время как фосфоресцирующее вещество обладает способностью накапливать попадающее на него излучение и высвобождать его в форме постепенно меркнущего света в