Теперь мы обратим внимание на наши собственные вирусы, на вирусы, составляющие человеческий виром. Мы находимся в разных отношениях с разными вирусами, сформированных различной длительностью совместной эволюции. Вирусная инфекция может быть преходящей и безвредной, а может и угрожать жизни. Вирусы могут вызывать хроническую инфекцию, при которой болезнь прогрессирует или протекает латентно с рецидивами. Многие вирусные инфекции протекают бессимптомно. Установлено, что каждый из нас постоянно инфицирован 8–12 вирусами (Virgin, 2014). Это число меняется с возрастом, с условиями окружающей нас среды, нашим финансовым положением и, самое главное, нашим геномом, а в особенности теми генами, которые управляют нашим иммунитетом. Эти оценки, несомненно, занижены, так как в расчет принимаются только вирусы нашего микробиома (главы 2 и 3); при этом невозможно учесть еще не выявленные вирусы.

Вирусы примитивных прокариот вступают в весьма развитые и богатые нюансами отношения со своими одноклеточными микробными хозяевами. Наше восприятие их как «примитивных» вводит в заблуждение: они эволюционировали вместе со своими хозяевами до появления третьего царства жизни – эукариот. Мы можем сколько угодно думать, будто наш видовой успех измеряется нашей биологической сложностью и культурной изощренностью – нашим разумом, развитием языка и культурными достижениями, но наш геном (и, если уж на то пошло, каждый наш ген) мало задумывается о таких вещах. Если бы он вообще умел думать, то считал бы успехом лишь возможность своего размножения и распространения. В этом отношении фаги и их геномы весьма и весьма успешны, так как сумели провести стадо своих генов через перипетии эволюции от времен зарождения жизни до нашего времени. Тем не менее сейчас мы ступим на территорию вирусов, инфицирующих нас с вами – позвоночных животных, многоклеточные организмы, представителей царства эукариот. Независимо от понимания успеха на генетическом уровне, этим микроскопическим машинам пришлось проложить очень сложный маршрут и проделать тернистый путь для того, чтобы сохранить и приумножить свои гены в эукариотических клетках.

В то время как вид Homo sapiens появился не более двухсот тысяч лет назад, многие инфицирующие нас вирусы, вероятно, были постоянными спутниками предков, от которых произошел человек разумный. Вирусы развивались, эволюционировали и следовали за ветвящимися и вновь образующимися видами по пути, ведущему от крупных обезьян до человека. Другие, не менее древние вирусы недавно нашли в человеке подходящую нишу и подарили ему новые заболевания. Точно так же, как мы, думающие о себе как о венце эволюции, вирусы выработали сложный стиль жизни, позволивший им с гарантией распространять их генетические линии, сохраняя идентичность на протяжении сотен тысяч и миллионов лет. Тот срез вирусов, который мы сейчас наблюдаем в нашем вироме, фиксирует лишь успешные линии вирусной информации, то есть те вирусы, которые обрели информационное содержание, позволяющее существовать им как видам. Особенность (и мы еще вернемся к ней позже) заключается в том, что в отличие от живых организмов вирусы не оставили после себя никаких ископаемых остатков, которые можно было бы соотнести с геологической хронологией. Все наши знания об эволюции вирусов основаны на ретроспективных суждениях, выведенных из генетического состава существующих в настоящее время вирусов. Исчезнувшие вирусы и их генетическая информация совершенно недоступны исследованию. Будучи эгоистичными генетическими паразитами, эти вирусы, если бы они обладали движущими мотивами своих действий, ничем бы не отличались в этом отношении от фагов, инфицирующих бактерии: их мотив – поддержание репликации. Параметры, которые влияют на успешность эукариотических вирусов, тоже не отличаются особой оригинальностью. Мы увидим, что и на таком высоком уровне факторы, направляющие эволюцию человеческих вирусов, работают так же, как и на уровне простейших фагов.

Однако с самого начала надо отметить одну значительную разницу. Она заключается в огромной сложности хозяина: это организм, кооперативное сообщество клеток. Когда мы обсуждали литические фаги, вирусы, инфицирующие бактерии и простейших, мы принимали в расчет только индивидуальные инфицированные бактериальные клетки. Успешное инфицирование фагом популяции бактериальных клеток начинается с проникновения в единичную клетку и реализуется после высвобождения дочерних фаговых частиц во внешнюю среду, где эти частицы могут беспрепятственно инфицировать других индивидов – другие бактериальные клетки. Эти частицы являются носителями генетической информации фага, отвечающими за передачу информации другим хозяевам. Отдельные, генетически идентичные клетки-хозяева, входящие в популяцию, инфицируются в ходе последовательных, разрастающихся по экспоненциальному закону циклов вирусной репликации до тех пор, пока сохраняется популяция клеток-хозяев. Успешные переходы из клетки в клетку являются важнейшим условием для репликации и распространения вирусов в популяции клеток-хозяев. Фаги бактериальных клеток приняли на вооружение разнообразные стратегии, обеспечивающие успешное размножение штаммов. Вирулентная литическая инфекция приводит к немедленной амплификации генома, в то время как лизогения отсрочивает продуктивную репликацию до более поздней реактивации профага. В каждом случае – я сейчас придерживаюсь данного мною определения вируса – необходимо, чтобы вирус был независимо развивающейся эгоистичной генетической единицей. Квинтэссенция «вирусности» заключается в передаче и инфицировании новых клеток-хозяев. Перед вирусами, инфицирующими многоклеточные организмы, стоит, в принципе, та же нелегкая фундаментальная задача обеспечения выживания – передача в новые клетки. Они должны инфицировать организм, реплицироваться и покинуть клетку с тем, чтобы проникнуть в новые клетки-хозяева. Это грандиозная и уникальная задача: вирусы должны отыскать доступ и сориентироваться в массиве из приблизительно 50 триллионов клеток, которые в сумме составляют наши ткани и органы. Вирусы должны отыскать именно те клетки, в которых могут реплицироваться, а также суметь уцелеть, несмотря на множество линий обороны организма. Позвоночные, например, обладают высокоразвитыми врожденными и адаптивными иммунными системами, призванными защищать организм от проникновения чужеродной генетической информации. И, наконец, вирусы должны иметь способ высвобождения дочерних вирусных частиц для их последующей передачи в другие клетки.

Даже для таких животных, как мы с вами, вирусную инфекцию и заболевания, вызываемые ею, можно свести к фундаментальным единицам, к инфицированию одной, отдельно взятой клетки. Тем не менее вирусы животных должны сделать многое сверх репликации и распространения внутри гетерогенной популяции клеток, составляющих ткани и органы нашего тела. Мало того, вирусы должны репродуцироваться и распространяться внутри популяции организмов, которые удалены друг от друга в пространстве. Различие в проявлениях разных вирусных инфекций представляют собой окно, через которое мы можем наблюдать механизмы и процессы, помогающие вирусам справляться