Обычно мифы, включенные в «Кодзики» и «Нихон секи», делят на три основных группы. Первую группу составляют мифы о разделении Неба и Земли, появлении первых богов, брачном союзе божеств Идзанаги и Идзанами (брата и сестры) и рождении последними Японских островов, многочисленных божеств (в том числе Аматэрасу и Сусаноо) и «всех десяти тысяч вещей». Вторая группа — мифы о божествах Равнины Высокого Неба (Такама-но-хара), прежде всего мифы об Аматэрасу и ее брате Сусаноо. Наконец третья группа мифов — это мифы о нисхождении на землю прародителя императорской династии. Также существует разделение мифов на миротворческие и мироустроительные — и на мифы, посвященные «строительству страны», то есть мифы, связанные с деяниями первых земных потомков небесных богов — императоров Японии.
Повествование «Кодзики» разделено на три свитка, первый из которых охватывает эпоху миротворения и мироустроения, а второй и третий рассказывают о «строительстве страны». Главные действующие лица первого свитка — разнообразные божества японского синтоистского пантеона, от первобогов Амэ-но-минака-нуси-но ками (Бог Правитель Священного Центра Небес), Така-ми-мусуби-но ками (Бог Высокого Священного Творения) и Камимусуби-но ками (Бог Божественного Творения) до таких экзотических богов, как Амацухико-хиконагисатакэугая-фукиаэдзу-но микото (Небесный Юноша-Доблестный Бог Баклановой Крыши, Не До Конца Настеленной На Морском Берегу). Все эти божества принадлежат к ками — этим, по выражению М. Элиаде, «вездесущим проявлениям всего священного». Само слово «ками» буквально означает «верхний»; в японской мифологии этим словом обозначаются не только собственно божества в привычном нам, европейском смысле, но и любые проявления сверхъестественной силы. «Сказать, что первобытные японцы представляли все явления природы прибежищем духов, — писал Дж. Б. Сэнсом, — или что их религия была анимистическим культом, означало бы применять точные термины к вещам слишком неясным и многообразным для простого определения. Однако японцы явно ощущали, что все различимые объекты некоторым образом живы, и история синтоизма — история поэтапного развития этих зачаточных представлений в религию государственную».[3] Бесчисленные поколения ками, по «Кодзики», заполняют временной промежуток между первобогами и людьми; основная особенность ками — и основная особенность японской мифологии в целом — заключается в том, что ками, согласно представлениям населения архипелага, породили не людей вообще, а именно японцев, то есть являются исключительно «национальными» божествами. Некоторые из этих божеств «управляли» людскими племенами и, следовательно, считались главными в конкретной местности, однако с образованием государства Ямато и учреждением в VII в. управления по делам богов верховным божеством всего архипелага была официально признана богиня солнца Аматэрасу.
Любопытно, что «Кодзики», в которых прославлялись ками в целом и Аматэрасу в частности, были составлены в ту эпоху, когда у местных японских божеств появился весьма серьезный соперник — Будда, первоначально воспринятый в Японии как чужеземный «ками», обладавший, по утверждениям переселенцев из Кореи, безграничным могуществом. Мало-помалу получила распространение и религиозно-философская доктрина буддизма, усугубленная, вдобавок, пришедшим из Китая родительским культом. «Духовная сторона буддизма не могла долго оставаться неоцененной, тем более что родная религия содержала лишь примитивнейшие концепции философии и морали, и немудрено, что буддизм, после первоначального обращения к простым материальным стремлениям и страхам японцев, нашел у них сильную и настоящую ответную любовь. Чувство крепости и святости семейных уз, свойственное японцам и раньше, было усилено китайской доктриной сыновней почтительности, причем эта доктрина утратила в Японии значительную долю своего сухого формализма, и среди первых японских изображений Будды многие были посвящены родителям, живым либо умершим, в знак благодарности от их детей» (Сэнсом). Постепенно заполняя те духовные «ниши», которые не мог охватить синто, буддизм укоренялся в японской почве, и так сложился причудливый симбиоз — синтоистский буддизм, или буддийский синтоизм, — а в японской мифологии появились «одомашненные» иноземные будды и боддхисаттвы, ставшие хидзири, то есть святыми, творящими чудеса. Наибольшего почитания среди этих святых удостоились аватары (воплощения) боддхисаттвы Авалокитешвары, которого японцы приняли под именем Каннон и которого чаще всего представляли себе в женском облике. Также приобрел значительную популярность и культ Эмма-о (индийского Ямы) — правителя страны мертвых, определяющего меру греховности и благодетельности каждого человека. Логичным итогом победного шествия учения Будды по Японским островам следует признать тот факт, что по сей день большинство верующих японцев исповедуют буддизм наряду с синтоизмом.
Классический пример объединения синтоизма и буддизма — представления о семи богах счастья (оитифукудзин). Их появление в японской традиции обычно объясняется тем отрывком из буддийской сутры «Нинно хання ке», в которой сказано, что при правильном следовании законам, изложенным в сутре, «семь несчастий немедленно исчезнут, а семь благ тут же явятся». Из семи ситифукудзин Дайкоку, Хотэй, Бисямонтэн и Бэндзайтэн — буддийские божества, Эбису — персонаж чисто синтоистский, а Фукурокудзю и Дзюродзин пришли из пантеона даосизма. Все эти боги, как считалось, наделены способностью даровать людям счастье, покой, материальное благополучие, здоровье, долголетие, беззаботность, веселье; поэтому их культ стал весьма популярным.
Вместе с буддийскими святыми в японскую мифологию проникли и представления о злых духах — ракшасах, претах и якшах, органично наложившиеся на местные предания о духах загробного мира. Эти злые духи — они — обычно изображались как человекообразные существа с бычьими рогами, острыми выступающими клыками, трех- или четырехпалые, со ртом, раздвинутым до ушей, и в набедренных повязках из тигровых шкур; они считались обитателями ада, бесами-мучителями, которые могли появляться и в мире людей, вселяться в их тела и всячески им вредить. Как писал известный отечественный исследователь М.В. Успенский, «народное понимание образа они в народных верованиях Японии складывалось на основе многих традиций. Они воспринимался как обитатель потустороннего мира, носитель зла и его воплощение, тем не менее нередко его изображали в неподобающих ситуациях — например, во время ритуала скандирования имени будды Амиды. Особенно часто такая иконографическая схема, получившая название „бии-ио нэмбуцу“ — „молитва беса“, использовалась в японской народной печатной картине — оцуэ и нэцкэ. Тема „демон и буддизм“, то есть „зло и истинное учение“, по-разному решалась в искусстве. Непосредственным ее воплощением были сюжеты, изображающие борьбу архата и демона. Но встречаются и такие композиции, как пострижение демона в монахи (демону бреют голову и спиливают рога), демон перед зеркалом (рассматривает рога, собираясь с ними расстаться) и т. п. В подобной интерпретации ясно видно стремление к десакрализации, осмеянию того, что, по общепринятому мнению, страшно. Это свидетельствует о существовании в городской культуре периода Токугава особого пласта, по типу аналогичного „карнавальной культуре“ европейского средневековья. Такой подход часто встречается и в других сюжетах.