Следует отметить, что поначалу следствие было менее единодушным. Уже в полночь первого дня следствия обозначились три возможные версии, объяснявшие причины трагического преступления. Первая – убийство на почве ревности, что фактически подтверждал и допрос Мильды ровно через пятнадцать минут после убийства Кирова. Вторая версия – «германский след». Неожиданно всплыла связь Николаева с германским консульством. Обратить же внимание на такие, более чем непонятные, отношения с этим учреждением заставило следующее. Оказалось, что Николаев летом и осенью неоднократно посещал германское консульство, после чего всякий раз направлялся в магазин Торгсина, где покупки оплачивал дойчмарками. Однако вечером 4 декабря направленность следствия резко изменилась. Агентурным путём – от подсаженного в камеру к Николаеву осведомителя – следователи получили фамилии людей, с которыми обвиняемый более десяти лет назад работал в Выборгском райкоме комсомола и которые впоследствии превратились в «сторонников» Троцкого либо Зиновьева. Основной, а затем и единственной стала версия политического убийства. 16 декабря Зиновьева арестовали вместе с ещё одним бывшим членом политбюро – Каменевым. На следующий день в передовице газеты «Правда» появилось объяснение причин: «Гнусные, коварные агенты классового врага, подлые подонки бывшей зиновьевской антипартийной группы вырвали из наших рядов товарища Кирова». Ещё через пять дней обвинение против бывшего руководителя Коминтерна, который перед революцией вместе с Лениным скрывался в шалаше в Разливе, конкретизировали. «Мотивами убийства товарища Кирова, – указывалось в сообщении «В Народном комиссариате внутренних дел», – явилось стремление добиться таким путём изменения нашей политики в духе так называемой зиновьевско-троцкистской платформы». Так завершилась переквалификация бытового преступления в политическое. Сталин умело использовал убийство Кирова в собственных целях. Разумеется, лидер питерских коммунистов не мог погибнуть от руки мужа любовницы, его могли убить только злые враги. Убийство Кирова дало Сталину возможность провести чистку партии и руководства государственных органов от октябрьского поколения большевиков и окончательно укрепить режим личной власти.
Интерес к обстоятельствам убийства Кирова не угасал на протяжении многих десятилетий. На XXII съезде партии H. С. Хрущёв высказал версию о загадочности обстоятельств убийства Сергея Мироновича и сделал достаточно прозрачный намёк на сталинский след подготовки покушения. Перья историков заскрипели. Появился целый пласт литературы о злодейском заговоре Сталина, который, впрочем, резко сократился в брежневскую эпоху, когда в стране были приостановлены практически все публикации о преступлениях Сталина. С приходом перестройки запрет был снят. Б романе А. Рыбакова «Дети Арбата» Кирову и подготовке его убийства вновь уделено немало внимания. Следует заметить, что, вопреки разным политическим целям, Сталин, а за ним Хрущёв и Горбачёв, исходя из своих собственных интересов, единодушно пытались сохранить репутацию Кирова как рыцаря без страха и упрёка. Тем не менее, сохранившиеся с 1934 года протоколы первоначального расследования, а также более поздние данные судебно-медицинской экспертизы убедительно доказывают версию именно бытового убийства, причём совершённого при достаточно скандальных обстоятельствах. Прежде всего укажем на нестыковки официального заключения с убедительно установленными и задокументированными фактами. Выстрелы в Смольном прозвучали в 16:30. Ровно через пятнадцать минут в доме № 4 по Литейному проспекту – в Управлении НКВД по Ленинграду и области – начальник четвёртого отделения секретно-политического отдела Коган начал допрос Мильды Драуле. Четверть часа – это как раз то время, за которое можно спуститься с третьего или второго этажа Смольного, сесть в машину и проехать, практически по прямой, по Шпалерной до Литейного, что свидетельствует о том, что Драуле во время убийства находилась именно в Смольном, где она в то время уже не работала. Когда Мильду доставили в ОГПУ, на ней были только пальто и туфли. Это косвенно доказывает, что в момент убийства она была совершенно голой. В соответствии с протоколом допроса одного из телохранителей Сергея Мироновича, убийство случилось не в коридоре Смольного, как принято считать, а в кабинете Кирова. Охрана не сразу смогла открыть дверь кабинета после выстрела: она была